大小嶝岛原来是属于金门县的，而且还是金门县府驻地。解放后大陆占领了金门县的小部分大小嶝岛等，在大嶝岛成立了金门县政府，属泉州市管辖。国军也占领金门县的大部分大小金门岛等，在金门岛也成立了金门县政府。所以曾经有两个金门县政府。1970年同安县回归晋江地区（即泉州），1971年大陆这边金门县政府与同安县政府合署办公，大小嶝岛并入同安县（当时属泉州），1973年同安县又划给厦门。大小嶝岛就是这么从泉州割让到厦门去的。