1924年，第二次直奉战争爆发，直系军阀首领吴佩孚自任为讨逆军总司令后，他当着外国记者的面夸下海口：我出兵10万，两个月内一定可以平定奉天！



1924年9月17日，奉系军阀首领张作霖向吴佩孚宣战，至此第二次直奉大战爆发，当时，曹锟将吴佩孚召集来京，对他说道：子玉老弟，我已经老了，辛苦你摄行陆海空大元帅的职权，一切便宜行事。



吴佩孚接受任命之后，便立即展开了直系军阀的军事会议，宣布兵分三路开赴热河山海关前线与奉军展开激战。




当时，吴佩孚作为主帅亲自来到山海关督战，本想的能够力挫奉军，取得战时的主动性，然而却连败数阵，锐气尽损，陷入到被动之中，就在吴佩孚思虑着如何扭转颓势时，直系军阀将领之一的冯玉祥却突然率部反戈一击，发动兵败，将曹锟给囚禁了起来，并威逼曹锟下令令前敌各军停战，直军前线则军心动摇，在奉军的大举进攻之下，溃败而逃，就此，曹锟、吴佩孚对奉作战遂告失败。




曹锟被被软禁于中南海延庆楼后，曹锟手下得陆军次长王坦前来看他时，曹锟一脸无奈地对着他说道：当时你们大家把我拥戴出来，这时又由大家把我看管起来，怎么办都可以，我没什么话好说。




与此同时，冯玉祥曾多次派人传话给曹锟，要求他辞职，从新华宫迁出去居住，如果不辞职，不迁出居住，便给他上手段，曹锟见事已至此，恨势比人弱，便只能够被迫辞职，结束了他短暂的总统生涯。



曹锟辞职之后，冯玉祥并没有恢复他的自由，而是继续派人严加看管他，同年12月6日，皖系军阀首领段祺瑞成为了临时执政后，他念及与曹锟昔日的恩情，便准备“暗保”曹锟，为此，他下达了一道命令，让内务，陆军两部对曹锟严行监视，听候公判。



这条命令看上对曹锟十分严厉，加大了对曹锟人身自由的限制力度，但实际上则是保护曹锟的一种手段和方式，将曹锟从冯军的监视中解放出来，使的曹锟不用再担忧自己的自身安全。



曹锟被从冯玉祥的监视中被解放出来后，段祺瑞不仅没有为难他，反而是让曹锟能够有机会避居六国饭店。


不久之后，奉系军阀首领张作霖与冯玉祥起了纷争和矛盾，奉系军阀首领张作霖则与段祺瑞进行了联合，以此来对抗冯玉祥，冯玉祥的下属鹿钟麟对此十分不满，为了向吴佩孚示好，鹿钟麟不仅发动了针对段祺瑞的兵变，还将软禁之中的曹锟给释放了。重获自由的曹锟曾短暂在保定隐居了一段时间后，便去河南投靠吴佩孚，意图东山再起！