司马迁在宫刑前就已经完成了《史记》的撰写，《报任安书》里写的是“草创未就”，意思是完成了粗稿，但还未润色修改。汉武帝看了粗稿有非常不满意的地方，才以李陵事件为由治罪司马迁的。遭受宫刑之后主要是修改，而且是很不情愿地按照汉武帝的意思进行的修改，可能在修改的过程中删除了长沙王吴芮的传记（吴芮是唯一没有传记的汉初开国功臣），因为当时的长沙国有很多著名的地名发生了变化，比如“苍梧”由长沙国南部移到了广西梧州，“苍梧山”被搬到了连云港（今花果山），等等。