明明《南部档案》备案原版有46集，播出只剩33集，大量核心剧本戏份被尽数删减，直接把人物逻辑剪得支离破碎。
大结局这段争议最大：张海楼得知师父死于张海虾之手，正片里他难过转瞬平复，很多观众看不懂，甚至指责角色冷漠，连演员张新成都被无端非议。直到剧组放出花絮、工作室释出原片片段，大家才明白错不在演员，是高光情绪戏全被删除。
原版完整戏份里，张海楼听闻真相后彻底被绝望吞噬，万念俱灰独自走入海边，生出轻生念头，师父惨死、挚友背叛的双重打击压垮他，情绪全面崩溃，面部失控近乎面瘫。他看到张海虾留下的约束带，脑海翻涌两人从小到大所有相处画面，积压多年的委屈、痛苦一次性爆发。
为了在外人面前强行维持镇定，他只能依靠金针刺激面部穴位，每扎一针脸部不受控制剧烈抽动，靠着一次次强忍钻心剧痛，才伪装出平静无波的模样。这段层层递进、极具破碎张力的封神演技戏份，正片一刀不留，才造成观众观感割裂。
结局那句单薄的“谢谢”，完整原台词本是**“谢谢你选择我”**。早在前期谢九爷就问过张海虾：“外面那个人，你信他吗？”张海虾当时答复：“看着不靠谱，但我信他，暗线穿珠局，我需要他配合我。”
这句话早已埋下伏笔——张海楼从头到尾都清楚张海虾全盘计划。暗线穿珠局的最终目标，是抹除体内暴戾人格黑虾的意识，而非杀死承载身体的白虾张海虾。剧中明确设定，黑虾、白虾共享视觉、听觉、触觉，却无法互通记忆心思，张海虾正是利用这个信息差布下大局。
所有人都能一眼看出，张海虾中箭之后，主导身体的是温和的白虾人格，心思缜密的张海楼不可能分辨不出。可他依旧拔刀刺向张海虾，从来不是真心要了结对方，而是配合张海虾演戏。
张家血脉天生右位心，两人心脏全都长在胸腔右侧，分裂出来的黑虾却不知道这个家族隐秘。张海楼刀刃精准刺向张海虾左胸，这一刀完全不致命，目的就是骗过黑虾人格，让它以为躯体已经死亡；一旦肉身“死亡”，依附身体的黑虾意识便会彻底消散，这才是暗线穿珠局完美闭环的核心。也正是两人彼此托付的信任，才让这场以假死灭人格的布局顺利完成。
南派三叔多次提醒观众回看第一集，全片首尾伏笔环环相扣。开篇盘花海礁案收尾，张海虾和张海楼说线索断裂、案子没法收尾、写不出档案报告；32集完整拆解邪神骗局，昙花海礁案才算真正结案，前后呼应。
再看大结局吴邪手中的档案馆卷宗，档案编号藏着关键时间线：
1933年百乐京案，承包人张海龙；次年1934年盘花海礁案，承包人标注张海虾。百乐京一案张海虾就完成布局压制黑虾，结案报告本该1933年收尾，1934年却依旧留有他署名的档案，侧面暗示张海虾并未真正死去，事后仍在暗中执行档案馆任务。
还有一处专属两人的暗号伏笔：结局张海楼脸上贴着一张纸条，是他们独有的约定。早年两人约定，但凡一方身陷绝境，另一人会在身后为对方留活路，纸条上双线，代表双向退路，无论任何变故，彼此都会给对方留一线生机。
剧集没有直白交代张海虾最终生死，但通篇埋下无数暗示，结尾信件更是点明：“南疆有变，许你我同心协力，期待再次并肩作战”，给两人的故事留下未尽的续集留白。