这座博物馆不仅外形特别，内部的展品的布局也很有讲究。在一楼的大厅中，有线上博物馆，可以给自己喜欢的展品“点赞”投票，也能解读这件展品背后的历史回事，十分有趣。
展厅分布：
“港通天下”中国港口历史陈列
“创新之路”现代港口知识陈列
港口科学探索馆
“数字海洋”体验馆
“海濡之地”北仑史迹陈列
“水下考古在中国”专题陈列
每一个展厅都有独自的风格，将历史上一些重要时刻的街景搬去园区，使得人们在欣赏展品之时，更能沉浸其中，深入了解展品背后的故事。
其中，最为有趣的就是“水下考古在中国”专题，如同电影般的奇妙的水下考古，丰富了传统博物馆枯燥、单一的展览形式。
