无人机于两栖作战中挑战众多。技术层面上，飞行过渡控制是一大难题。例如从水面滑行过渡到空中飞行，状态转换极为复杂，控制稍有偏差便易失控。材料选择需兼顾水上与水下不同环境，既要具备防水性能，又要保证足够强度。推进系统要适应水陆两种模式，还需平衡能源消耗，否则续航能力会受到限制。
战场环境方面，敌方的防空体系会对无人机构成威胁，现代防空系统能够精准打击空中目标。海上复杂的气象条件，如大风、暴雨等，会影响无人机的飞行稳定性和作战效能。此外，两栖作战区域地形复杂，无人机执行任务时易受地形遮挡，影响信号传输和任务执行。
除技术和战场环境挑战外，协同作战难题也不容忽视。在两栖作战中，无人机需与海陆空各作战单元紧密配合。比如与登陆部队协同，要精准把握部队推进节奏，提供实时情报支持。但实际操作中，各作战单元的通信协议、指挥流程存在差异，信息共享不畅，易导致协同出现偏差，影响作战效果。
后勤保障同样是一大挑战。无人机在两栖作战中的损耗率相对较高，需要及时补充和维修。然而，海上作战平台空间有限，难以储备大量的无人机及零部件。在海上进行维修作业，要克服潮湿、颠簸等不利条件，维修难度和成本大幅增加。
另外，操作人员的素质和经验也影响着无人机在两栖作战中的表现。两栖作战情况复杂多变，对操作人员的应急处理能力要求极高。若操作人员缺乏相关经验，面对突发状况时可能无法做出正确决策，导致无人机任务失败甚至被摧毁。总之，要使无人机在两栖作战中充分发挥作用，必须逐一攻克这些挑战。