潜射战略导弹技术难度极大，目前全球仅有美俄英法中掌握这一技术。其存在诸多难点，首先是导弹小型化。潜艇内部空间有限，导弹需垂直部署，故而要尽可能缩小体积，同时还得保证射程和威力，这对设计和制造工艺提出了极高要求。
水下点火同样是一大难题。潜射导弹需经历从水到空气的跨介质转换，两种流体密度相差800倍，出水瞬间弹体受力突变可达数十吨，如同高速行驶的汽车突然撞墙。若出水后弹体初始俯仰角或偏航角超过5°，后续空中点火就会失败，甚至可能砸回潜艇。并且发射时潜艇受深度、航速限制，还要应对各种随机水动力干扰，导弹水下无动力航行也增添了难度。
此外，导弹的隐蔽性和突防能力也是关键难点。潜艇作为潜射战略导弹的发射平台，最大优势便是隐蔽性。这就要求潜射战略导弹在发射过程中不易被敌方探测到，从水下发射到出水阶段，要尽量减少信号特征，防止被敌方的声呐等探测设备察觉。
在突防方面，如今反导系统愈发先进，潜射战略导弹必须具备强大的突防能力。导弹需采用多种突防技术，如诱饵技术、机动变轨技术等。诱饵技术可释放假目标，迷惑敌方反导系统；机动变轨技术能让导弹在飞行过程中改变轨道，使敌方难以预测轨迹进行拦截，但实现这些技术需要复杂的控制系统和精确的算法，技术难度颇高。
最后，导弹的可靠性和维护性也不可忽视。潜射战略导弹要长期处于潜艇的复杂环境中，承受高温、高湿、高盐等恶劣条件，这对导弹的电子设备、材料等是巨大考验，必须确保在这样的条件下仍能保持高可靠性。而且在潜艇有限的空间内，还要便于对导弹进行日常维护和保养，以保证其随时处于可用状态。