小型的普通货轮，单次通行费大约在15万—25万美元，折合人民币约108万~180万元；
常规中型集装箱船，一次通行成本普遍在30万—50万美元，折合人民币约216万~365万元；
超大型新巴拿马级集装箱巨轮，加上拖船、领航、泊位调度等附加服务费，总花费可以达到60万甚至上百万美元。

历史上创下过单次通行费纪录的商船，一次缴纳了53.5万美元的基础通行费，换算成人民币将近390万元。

在巴拿马运河开凿之前，远洋轮船想要从大西洋前往太平洋，没有捷径可走，必须一路南下，绕行南美洲大陆最南端的合恩角。这片海域常年狂风巨浪、海况凶险，被航海人称作“海上坟场”，不仅航程要多走上万公里，还要消耗更多燃油、耗费大量航行时间，航行风险也大大增加。

花高额的过路费走巴拿马运河这条捷径，缩短了洲际航运的距离，规避了危险的合恩角航线，也正是它能成为世界级黄金航运水道的原因。而运河的通行费用，也是巴拿马国家重要的财政收入来源。